Naruto Shippuuden Zweieinhalb Jahre später, nach Naruto's Training mit Jiraiya, kehrt er nach Konoha zurück und muss feststellen, dass nicht nur er sich verändert hat, sondern, dass auch seine Freunde sehr gewachsen und stärker geworden sind. Er und Sakura kämpfen gegen Kakashi, damit dieser ihre neuen Fähigkeiten abschätzen kann, und schaffen es ihn zu besiegen. Dadurch werden sie mit ihm gleichgestellt und gelten ab jetzt als Team 'Kakashi'. Doch nachdem Team 'Kakashi' seine erste Mission antreten soll, bekommen sie eine Nachricht aus Sunagakure, dass Gaara, der mittlerweile Kazekage ist, entführt wurde, und sie werden nach Suna geschickt um Gaara zu retten. Doch die Akatsuki, die Gaara entführt haben, sind auch hinter Naruto her, und so beginnt wieder ein weiteres, spannendes Abenteuer von Naruto und seinen Freunden.