Kekkei Genkai sind spezielle Fähigkeiten, die von verschiedenen Clans vererbt werden. Diejenigen mit einem Kekkei Genkai erhalten Fähigkeiten, die ihnen im Kampf große Vorteile verschaffen, da ihre Fähigkeiten teilweise abnormal sind gegenüber normalen Ninja. Kekkei Genkais können nicht kopiert oder erlernt werden, da es sich um ein bestimmtes Gen in der DNS handelt, dass nur vererbt werde kann.


1. Sharingan - Uchiha Clan
Das Sharingan ist ein spezieller körperlicher Zustand der, durch die Geburt, in nur einigen Mitgliedern des Uchiha Clans erscheint. Es ist eins von den auserwählten wenigen Arten und ist nur Vererblich. Sie sagen, daß die Vorlagen des Uchiha Clans innerhalb des Hyuga Clans liegen. Das Byakugan is ebenfalls vererblich und zwar bei einigen Mitgliedern des Hauses Hyuga. Das Sharingan und das genetischen Merkmal des Byakugan sind sich ähnlich. Es ist eine Augenfähigkeit, die des Sharingan, aber irgendwie übertrifft. Keine dieser speziellen körperlichen Bedingungen kann erlernt oder vorgeformt werden. Durch Jusuts wird das ganze noch wirkungsvoller. Die Pupille des Sharingan gibt Ihnen die Fähigkeit zu durchschauen und besiegt jede Art Versteck-, Illusion-, und Körperkunst. Es ermöglicht, Personen, im Fall von einem Doppelgänger, nur als Chakra zu sehen (siehe Bild unten). Mit dem gleichen Effekt für alle Arten von GenJustu. Es erlaubt Ihnen auch, die gegnerischen Künste zu kopieren, sobald Sie sie gesehen haben, oder sogar während sie vorgeformt werden

2. Byagukan - Hyuga Clan
Byakugan ist die Blutlinie des Hyuuga-Clans. Bei dieser Technik werden die Augen des Anwenders ganz weiß und der Anwender hat dann ein Blickfeld, welches 360° um sich wirkt. Weiters ist der Anwender in der Lage, das Keirakukei (Chakrafluss) und das Tenketsu (Chakrapunkte) des Gegners zu sehen.Werden diese attackiert, wird der Chakrafluss des Gegners unterbrochen. Byakugan heißt im übrigen übersetzt «Weißer Blick».

3. Hyoton - nix gefunden (Hakus Clan)
Dieses Kekkei Genkai kommt aus Kiri-Gakure und erlaubt es dem Benutzer, das Wasser sowie den Schnee und den Nebel in der Umgebung nach Belieben zu manipulieren. Da man währenddessen noch viele andere Techniken aus den drei Hauptgruppen benutzen kann, ist dieses ein enorm starkes Kekkei Genkai

4. Shikotsumyaku - Kaguya Clan
Das Shikotsumyaku Kekkei Genkai ist im Kaguya Clan gering vererbt. Außergewöhnlich ist, dass Kimimaru als einziger diese Technik in diesem Clan bis jetzt zeigte. Das Kekkei Genkai erlaubt die eigenen Knochen zu manipulieren. Ninja die diese Kunst beherrschen sind im Stande Knochen aus ihren Körpern sprießen zu lassen und sie als Verteidigungsmittel bzw. Waffe zu gebrauchen. Kimimaru baute ein Knochenschild als Verteidigung auf, welches Vergleichbar mit Gaaras Sandschild ist. Diese Fähigkeit macht den Körper fast unverwundbar und verschafft dem Nutzer eine ideale Verteidigung. Die Wirbelsäule kann außerdem komplett rausgezogen und als Waffe genutzt werden.